FICHE MODULE SI5 / M2 ISI

TITRE : Modélisation des réseaux de régulation biologique

DUREE  : 8 semaines (évaluation comprise)

RESPONSABLE  : Gilles Bernot
QUALITE/CV : G. Bernot est Professeur à Polytech'Nice. Après avoir créé le projet d'épigénomique du génopole à Evry, il est maintenant responsable de l'équipe de Bio-informatique du laboratoire I3S.

AUTRES INTERVENANTS ACADEMIQUES : J-P. Comet, Professeur Polytech'Nice

OBJECTIFS : Comprendre et savoir modéliser les réseaux d'interaction génétiques par des méthodes qualitatives

CONTENU  : 

• Graphes d'interactions génétiques
• Graphes d'états discrets
• Homéostasie, multi-stationnarité et phénomènes épigénétiques
• Propriétés temporelles
• Etats singuliers
• Modèles hybrides

• René Thomas, Denis Thieffry, Marceline Kaufman: "Dynamical behaviour of biological regulatory networks", Bull. Math. Biol., vol.57, Num.2, p.247-276, 1995
• H. de Jong, J.-L. Gouzé, C. Hernandez, M. Page, T. Sari, J. Geiselmann: "Qualitative simulation of genetic regulatory networks using piecewise-linear models", Bulletin of Mathematical Biology, 66(2):301-340, 2004.
• Gilles Bernot, Jean-Paul Comet, Adrien Richard, Janine Guespin: "A fruitful application of formal methods to biological regulatory networks: Extending Thomas' asynchronous logical approach with temporal logic", Journal of Theoretical Biology (JTB), Vol.229, Issue 3, p.339-347, 2004
• Michael Huth, Mark Ryan: "Logic in Computer Science: Modelling and Reasoning about systems" Cambridge University Press, 1999

SUPPORT de COURS :

MODE D’EVALUATION :